科研論文丨FASTASeq 300助力ALK融合癌基因精準(zhǔn)檢測新方法開發(fā)
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2024-12-17
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科研論文丨FASTASeq 300助力ALK融合癌基因精準(zhǔn)檢測新方法開發(fā)




文章梗概

近日,真邁生物用俄羅斯莫斯科國立醫(yī)科大學(xué)、內(nèi)分泌學(xué)研究中心機構(gòu)在cancers上發(fā)表了題為A New Approach of Detecting?ALK?Fusion Oncogenes by RNA?Sequencing Exon Coverage Analysis”的科研成果,基于真邁生物的FASTASeq 300測序平臺,開發(fā)一種新的生物信息學(xué)方法,利用RNA測序數(shù)據(jù)中的外顯子覆蓋度分析來準(zhǔn)確地預(yù)測臨床上顯著的ALK原癌基因融合。在一小部分ALK陽性腫瘤中實現(xiàn)了96%的準(zhǔn)確率(100%的靈敏度,94.9%的特異性)。


背景介紹

ALK(間變性淋巴瘤激酶)基因重排在多種腫瘤類型中是驅(qū)動突變的常見來源。常用的檢測ALK融合的方法包括免疫組化(IHC)、熒光原位雜交(FISH)、反轉(zhuǎn)錄定量聚合酶鏈反應(yīng)(RT-qPCR)和panel測序。此外,全轉(zhuǎn)錄組測序能夠分析廣泛的癌癥生物標(biāo)志物,包括失調(diào)基因,分子途徑及腫瘤驅(qū)動基因的基因融合轉(zhuǎn)錄本。然而,由于在融合斷點處覆蓋不足,難以發(fā)現(xiàn)融合位點。基于此,本文開發(fā)了一種新的生物信息學(xué)方法,可以從RNA測序數(shù)據(jù)中準(zhǔn)確地預(yù)測ALK融合。


*以下為該研究成果解讀

結(jié)果概要

ALK覆蓋不對稱篩選

文章通過使用TruSightOncoFu兩個panel對樣本進行RNA建庫,并使用FASTASeq 300對文庫進行PE75測序,結(jié)果觀察到在ALK融合陽性樣本中,ALK的覆蓋表現(xiàn)出明顯的不對稱性。這種不對稱性在樣本的外顯子20-24中尤為突出,意味著這些區(qū)域的表達(dá)水平顯著高于其他外顯子。具體來說,在樣本?ALK_9?中,文章觀察到明顯的覆蓋不對稱,與融合陽性狀態(tài)相匹配。以上表明每個樣本的融合狀態(tài)都可以通過其外顯子覆蓋的差異來推測。


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1?RNAseq數(shù)據(jù)的ALK覆蓋圖


此外,從表1中可以看到,接受ALK靶向治療的患者中,預(yù)測為ALK融合陽性的組無進展生存期顯著延長,進一步支持了文章方法的臨床相關(guān)性。

表1 ALK靶向治療患者信息表

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TruSight數(shù)據(jù)驗證ALK覆蓋不對稱

2展示了基于TruSight數(shù)據(jù)的ALK基因覆蓋圖,主要目的是分析不同樣本的ALK覆蓋不對稱性。數(shù)據(jù)顯示,確認(rèn)有ALK融合的樣本在其ALK基因的覆蓋測量上表現(xiàn)出明顯的不對稱性ALK_10,而在未確認(rèn)融合的樣本中(NS_20),這種不對稱性則不明顯。圖中的結(jié)果強調(diào)了ALK覆蓋不對稱性在腫瘤樣本中預(yù)測ALK融合的重要性,尤其是在基因的酪氨酸激酶(TK)區(qū)段的覆蓋情況。


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圖2?基于TruSight數(shù)據(jù)的ALK基因覆蓋結(jié)果圖


結(jié)論

這項研究表明通過RNA測序外顯子覆蓋率分析,能夠有效檢測ALK基因融合。研究顯示,該新穎的生物信息學(xué)方法改善了傳統(tǒng)基因融合檢測技術(shù)的準(zhǔn)確性,能夠達(dá)到96%的驗證準(zhǔn)確率,其中敏感性為100%,特異性為94.9%。


參考文獻

Zakharova G, Suntsova M, Rabushko E, Mohammad T, Drobyshev A, Seryakov A, Poddubskaya E, Moisseev A, Smirnova A, Sorokin M, Tkachev V, Simonov A, Guguchkin E, Karpulevich E, Buzdin A. A New Approach of Detecting ALK Fusion Oncogenes by RNA Sequencing Exon Coverage Analysis. Cancers (Basel). 2024 Nov 16;16(22):3851. doi: 10.3390/cancers16223851. PMID: 39594806.


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