測序平臺：GenoLab M、NextSeq 500、NovaSeq 6000

樣本信息：人源細胞系標準品（NA12878）

解讀鏈接：

https://mp.weixin.qq.com/s/6Htb78TVanj37cufbZc48g

測序平臺：NovaSeq 6000、NextSeq 550、GenoLab M、FASTASeq 300、SURFSeq 5000

樣本信息：腫瘤樣本HD832和正常樣本HG001

解讀鏈接：

https://mp.weixin.qq.com/s/25Qy3kuGe0gZ0R-_SUK8lw

測序平臺：GenoLab M、NextSeq 2000

樣本信息：3例卵巢癌患者的腫瘤組織FFPE樣本

解讀鏈接：

https://mp.weixin.qq.com/s/OieIm6iiFuzUc_9yF7PvLg

測序平臺：GenoLab M、NovaSeq 6000、NextSeq 550、MGISEQ 2000、FASTASeq 300、SURFSeq 5000

樣本信息：FFPE標準品HD832、cf DNA和cell line

解讀鏈接：

https://mp.weixin.qq.com/s/sZ7a7FdME-whLxkqniLDiA

文章題目：Accumulation of Endogenous Adenosine Improves Cardiomyocyte Metabolism via Epigenetic Reprogramming in an Ischemia-Reperfusion Model

發(fā)表期刊：Redox Biology

影響因子：11.4

發(fā)表年份：2023

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https://mp.weixin.qq.com/s/wUiX9zEZYZB_OCmfFl7d0Q

文章簡介：復旦大學附屬中山醫(yī)院孫愛軍和葛均波院士團隊研究探討了心臟細胞中腺苷激酶（ADK）在心肌缺血再灌注（I/R）損傷中的作用，并探索了其作為治療靶點的潛力。通過抑制ADK，可以導致心肌細胞內腺苷積累，降低DNA甲基轉移酶1（DNMT1）的表達，并引起基因組的低甲基化。此外，ADK敲除還增加了胰島素樣生長因子-1（IGF-1）的轉錄，促進心肌細胞的葡萄糖代謝。研究者構建了不同時間點的I/R小鼠模型，使用GenoLab M測序儀對I/R組和對照組樣本進行了轉錄組測序。結果表明：相比對照組，ADK的表達在I/R組顯著上調。通過ADK相關通路分析發(fā)現(xiàn)，在I/R組中，ADK、DNMT1和其他代謝相關基因發(fā)生了顯著變化。

圖2 ADK被發(fā)現(xiàn)是參與I/R期間代謝變化的潛在候選基因

文章題目：Single-Molecule m⁶A Detection Empowered by Endogenous Labeling Unveils Complexities Across RNA lsoforms

發(fā)表期刊：Molecular Cell

影響因子：14.5

發(fā)表年份：2025

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https://mp.weixin.qq.com/s/qyFb7XkT9QgGALCry2TKjw

文章簡介：中山大學中山醫(yī)學院王金凱教授研究團隊開發(fā)了一種名為m6Aiso的深度學習模型，在牛津納米孔直接RNA測序的單個讀長上檢測m⁶A修飾。訓練該深度學習模型是基于內源性標記產(chǎn)生的上百萬個單分子m⁶A陽性電信號。該研究揭示了：1、不同m⁶A位點在單分子上存在距離依賴的連鎖；2、相同的m⁶A位點在不同的異構體上也能夠通過三種不同的機制產(chǎn)生廣泛的差異；3、轉錄因子SMAD3在上皮-間充質轉化過程選擇性調控m⁶A，與SMAD3結合的啟動子異構體的m⁶A顯著上調，形成異構體特異的m⁶A調控。m6Aiso技術為研究m⁶A修飾的復雜性和動態(tài)變化提供了新的工具，為理解m⁶A在異構體上的復雜性提供了新的視角。此外，研究者還采用真邁生物的SURFSeq 5000平臺完成了A549細胞系的GLORI測序，為m6Aiso 在多個細胞系中的準確性評估提供了有力的支撐，同時也反映了SURFSeq 5000平臺進行二代高通量測序具有高度的可靠性。

圖4 m⁶A在單reads上的內源性標記和m6Aiso在單分子水平上的結果評價

文章題目：Improving Seed Shattering Resistance in Wild O. alta?Rice with Mesoporous Silica Nanoparticle Delivery Systems

發(fā)表期刊：Nano Letters

影響因子：9.6

發(fā)表年份：2024

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https://mp.weixin.qq.com/s/GsXpfZvKzK18Mg7W6gx16Q

文章簡介：國家納米科學中心曹宇虹研究員團隊通過介孔二氧化硅納米顆粒遞送系統(tǒng)（MSNs）對四倍體野生稻（Oryza alta）的落粒性進行改良?；谡孢~生物SURFSeq 5000高通量測序平臺的轉錄組測序結果，研究團隊分析了落粒相關基因沉默后細胞壁和纖維素合成相關基因轉錄組水平變化，發(fā)現(xiàn)落粒相關基因SH02表達下調，木質素沉積相關基因CAD2、CCR19、PAL1、COMT表達上調，差異基因的GO富集與細胞壁的定位和纖維素的合成相關。通過進一步的分子生物學實驗，證實了落粒相關基因的沉默顯著減少了水稻籽粒與小穗之間的離層形成，增強了小穗的抗拉強度。本研究證實MSN-siRNA遞送系統(tǒng)是一種靈活、有效的作物性狀改良方法，為實踐可持續(xù)農(nóng)業(yè)發(fā)展提供了一個有前景的工具。

圖6 MSN-siRNA遞送系統(tǒng)

文章題目：Hybrid sequencing for detailed genetic characterization of human adenoviruses

發(fā)表期刊：Scientific Reports

影響因子：3.8

發(fā)表年份：2024

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https://mp.weixin.qq.com/s/UZSVH0ka47G2WaLlymwwGw

文章簡介：湖北省疾病預防控制中心基于真邁生物FASTASeq 300和ONT MinION Mk1C測序平臺，對26例腺病毒（HAdV）陽性的上呼吸道感染患者樣本進行了測序并深入分析。通過ONT長讀長和FASTASeq 300短讀長測序的混合組裝，成功獲得32條完整組裝的HAdVs基因組，并對其進行了全方位剖析，為HAdVs流行病學調查及公共衛(wèi)生安全提供了新的見解。研究者發(fā)現(xiàn)，結合長讀長和短讀長的雜交測序，可以獲得準確的HAdVs基因組，并且發(fā)現(xiàn)潛在的共感染。

圖7 HAdVs全基因組進化樹及多樣性分析